Buradasınız

BUĞDAYDA POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU VE OLASI SORUNLARIN OPTİMİZASYONU

POLYMERASE CHAIN REACTION IN WHEAT AND OPTIMIZATION OF THE POSSIBLE PROBLEMS

Journal Name:

Publication Year:

Abstract (2. Language): 
Polymerase Chain Reaction (PCR) is a process of DNA amplification via DNA polymerase enzyme under artificial conditions in a thermal cycler. PCR, which has very common use in a wide range of different diciplines, has provided high speed and certainty for molecular studies. If this complex technique is used effectively after optimization, it makes studies easy for researchers. However, researcher should optimize the PCR conditions before any specific study to avoid from poor and nonspecific PCR products. The aim of this work was to put forward the problems encountered in a PCR and show how to optimize concentrations of DNA, MgCl2, dNTPs and primers. These are the critical components for a successful PCR process. By keeping other factors stable, it was determined that optimum DNA (100 ng), MgCl2, dNTPs and primer amounts were 1 ul, 2-2.25 mM, 200-400 uM and 0.25 uM, respectively. In addition, mineral oil addition to the mix had no effects on PCR product.
Abstract (Original Language): 
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) DNA polimeraz enzimi aracılığıyla suni şartlarda DNA'nın çoğaltılması işlemidir. Yaygın ve geniş bir kullanım alanı olan PCR, moleküler çalışmalara büyük bir hız ve kesinlik kazandırmıştır. Oldukça kompleks olan bu teknik optimize edilerek başarılı bir şekilde kullanıldığında araştırmacıların işini kolaylaştırmaktadır. Ancak zayıf, istenmeyen ve spesifik olmayan ürün oluşumundan kaçınmak için kullanıcı gereken optimum konsantrasyon ve şartları kendisi ayarlamalıdır. Bu çalışma, PCR'de kullanılan temel bileşenlerden DNA, MgCl2, dNTP ve primer konsantrasyonlarının optimize edilmesi ve karşılaşılan sorunların ortaya konulması amacıyla yapılmıştır. Bu bileşenler PCR sonucunu etkileyen kritik faktörlerdir. Diğer bileşenler sabit tutularak her bir bileşen için farklı konsantrasyonlar denenmiş ve doğru amplifikasyon için gerekli optimum konsantrasyonların DNA (100 ng), MgCl2, dNTP ve primer için sırasıyla 1 ul, 2-2.25 mM, 200-400 uM ve 0.25 uM olduğu saptanmıştır. Ayrıca reaksiyon karışımına mineral yağ koymanın PCR ürününe etkisinin bulunmadığı da tespit edilmiştir.
36-39

REFERENCES

References: 

Akar, N., 1999. Polimeraz Zincir Reaksiyonu. Pediatrik Moleküler Patoloji ve
Genetik.http://www.medicine.ankara. edu.tr/internalmedical/pediatrics/molgen/ index.
Anonim, 2004. Polymerase Chain Reaction(PCR).
http://www.karymullis.com/pcr.
Anonim,
2005
. PCR Generalities. Standard PCR Reaction
Mix. http://www.info.med.yale.edu/genetics. Bock, R., 1997. Biolistic Transformation of plants with
anion-exchange-purified plasmid DNA. Qiagen News.
Issue No:5. Institut für Biologie III, Universitat
Freiburg, Germany. Eckert, K.A. and Kunkel, T.A., 1990. High fidelity DNA
synthesis by the Thermus aquaticus DNA polymerase.
Nucleic Acids Res. 18: 3739-3744. Ellsworth, D.L., 1993. Artifactual variation in randomly
amplified polymorphic DNA banding patterns.
BioTechniques, 14: 214-217. Henegariu^^^^^^^^BSf.A., Dlouhy, S.R., Vance, G.H.
and Vogt, P.H., 1997. Multiplex PCR: Critical
Parameters and Step-by-Step Protocol. BioTechniques,
23: 504-511.
Karcicio, M., 2007. Uygulamalı Gen Amplifikasyonu: PCR
Teknolojisi. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR). Bio
954.http://yunus.hacettepe.edu.tr/~coner. Maxam, A., and Gibert, W., 1977. A new method
^^Mıcing DNA.
Proceeding of the National Acedemy
of Sciences, 74: 560-564. Promega, 2004. General Considerations for PCR
Optimization. Protocols and Applications. Chapter 1:
Nucleic Acid Amplification. Qiagen, 2005. Critical Factors for Successful PCR. Primer
Annealing and PCR buffers. http://www.qiagen.com. Roberts, R.J., 1987. Restriction and Modification Enzymes
and Their Recognition Sequences. Gene Amplif Anal, 5:
1-49.
Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., 1989. Molecular
Cloning, A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor
Laboratory Press, New York. Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A.R., 1977. DNA
Sequencing with Chain-Terminating Inhibitors.
Proceeding of the National Academy of Sciences, 7:
5463-5467.
Somers, D.J., Isaac, P., Edwards, K., 2004. A high-density microsatellite consensus map for bread wheat (Triticum aestivum L.). Theor Appl Genet., 109: 1105-1114.
Southern, E.M., 1975. Detection of Specific Sequences Among DNA Fragments Separated by Gel Electrophoresis. Journal Molecular Biology, 98: 503¬517.
Watson, D.J., Gilman, M., Witkowski, J., Zoller, M., 1992. Recombinant DNA. Scientific American Books, s:63-75, New York.
Weining, S. and Langridge, P., 1991. Identification and Mapping of Polymorphism in Cereals Based on the Polymerase Chain Reaction. Theor. Appl. Genet., 82: 209-216.
Williams, J.F., 1989. Optimization Strategies for the Polymerase Chain Reaction. Biotechniques, 7: 762-769

Thank you for copying data from http://www.arastirmax.com